Корни заготавливают в начале вегетации до отрастания надземной части (март — май), осенью, когда начинают высыхать стебли. Выкопанные корни очищают от грунта и промывают в холодной воде. Одеревеневшие стебли, головчатую часть корневища и шершавый одеревеневший главный корень отбрасывают. Очищенные и отмытые от грунта корни немного подсушивают на солнце и разрезают на куски до 30 см, а толстые корни разрезают вдоль на 2–3 части; для получения очищенных корней перед сушкой с них сдирают серый поверхностный слой. После указанной обработки корни сушат в тени, раскладывая тонким слоем, на сетках, натянутых полотнищах, на открытом воздухе на чердаках и в хорошо проветриваемых помещениях.
В сушильнях сырье сушат при температуре не выше 40°. При более высокой температуре корни могут приобрести желтоватый цвет, значительно ухудшающий качество и эффективность лекарственных средств. Высушенные корни должны ломаться, в то время как недосушенные гнутся, а не ломаются. Сырье должно иметь беловатый цвет. Корни алтея гигроскопичны и при высокой влажности воздуха быстро отсыревают и покрываются плесенью, а порой приобретают затхлый запах и кислый вкус. Поэтому высушенные корни алтея должны храниться в сухом, хорошо проветриваемом помещении.
При заготовке корней запасы сырья истощаются, необходимо на каждом квадратном метре произрастания растения оставлять не менее 2/3 корней для восстановления растений и пополнения запасов сырья в будующем.
Корни алтея лекарственного являются официнальным сырьем в Украине и в большинстве европейских стран, а также в США и Канаде. Как полноценный заменитель корней алтея лекарственного в Украине, России, Беларуси и Казахстане допускаются к заготовке и использованию в фармации и медицине корни алтея армянского Althaeа аrmteniaca Tenore., отличающегося от алтея лекарственного тем, что его средние листья более округлые или широкояйцевидные, более рассеченные, трех- или пятилопастные. У алтея армянского листья с обеих сторон имеют более густое, сероватое шерстистое опушение. Корни алтея армянского внешне очень подобны корням алтея лекарственного, отличаясь от них на сломе большей волокнистостью.
В Украине и в некоторых европейских странах в промышленной фармации, кроме корней алтея используют сухую траву алтея лекарственного (Herba Althaeae), которую заготавливают во время цветения.
Малоопытные заготовители вместо корней алтея лекарственного заготавливают корни других растений семейства мальвовых, в частности, мальвы лесной (Malva sylvestris L.) и хатьмы тюрингской (Lavatera thuringiaca L.). От указанных видов алтей лекарственный отличается бледно-розовой окраской венчика (ярко-розовая у хатьмы и розовая с темными полосками у мальвы). Алтей лекарственный от других видов растений рода алтей отличается количеством листьев в подчашии (у алтея их 8–12, а у хатьмы и мальвы — по 3), а также формой листьев (у мальвы они сердцевидно-округлые, пяти-, семилопастные, у хатьмы — треугольно-пятилопастные).
На Украине в диком состоянии растут другие виды растений рода алтей, алтей коноплевидный — Althaea cannabina L., алтей нарбонский — Althaea narbonensis Pourr., которые относятся к секции Althaeastrum Iljin и алтей шерстисто-волосистый — Althaea hirsuta L. из секции Hirsutae Iljin. Растения рода мальва по внешнему виду подобны алтею лекарственному, однако лекарственное сырье из них считается примесью к сырью алтея лекарственного и не допускается к заготовке в качестве лекарственного сырья, поскольку эти виды недостаточно изучены. Алтей был одним из первых лекарственных растений, которые еще